В циркуляре начальника штаба Северного флота от 14 декабря 1959г. № 0089 "О выполнении оргмероприятий на СФ" значится:
"II. В соответствии с директивой Главного штаба Военно-Морского флота № ОМУ/3/16293с от 3 ноября 1959 года числить проведенными следующие оргмероприятия с 14 декабря 1959 года:
А) сформирован военный трибунал Североморского гарнизона по штату № 30/301-Д с подчинением председателю военного трибунала флота."
Таким образом, дата образования Североморского гарнизонного военного суда считается 14 декабря 1959 года. В дальнейшем, в ходе общей реорганизации Вооруженных Сил СССР, которые коснулись и ВМФ, военный трибунал Североморского гарнизона был расформирован, а затем вновь образован.
С 1992 года, на основании Директивы Главного штаба ВМФ от 27 августа 1992 года № 730/2/1616, военный трибунал Североморского гарнизона переименован в военный суд Североморского гарнизона.
С 1 июля 1999 года военный суд Североморского гарнизона переименован в Североморский гарнизонный военный суд и в суде должности служащих стали замещаться должностями федеральной государственной службы.
С декабря 1998 года военный суд располагается по адресу: г. Североморск, улица Ломоносова, д.3. Раньше суд располагался в одном здании с Северным флотским военным судом.
Председателями военного суда в различное время были: капитан юстиции – подполковник юстиции Ряков Григорий Степанович; подполковник юстиции – полковник юстиции Горбунов Лев Михайлович; подполковник юстиции – полковник юстиции Родионов Михаил Степанович; подполковник юстиции – полковник юстиции Мелешко Лев Павлович; подполковник юстиции – полковник юстиции Кокорин Юрий Ильич; подполковник юстиции Лавров Геннадий Николаевич; подполковник юстиции – полковник юстиции Макаров Михаил Петрович; подполковник юстиции – полковник юстиции Кортавенков Николай Васильевич; подполковник юстиции – полковник юстиции Федосов Николай Иванович; полковник юстиции Полиниченко Юрий Николаевич; полковник юстиции Манылов Виталий Алексеевич; полковник юстиции Антонов Александр Николаевич; подполковник юстиции Черных Юрий Николаевич.
В настоящее время председателем суда является Бельский Игорь Гуликович.
До 2000 года военный суд был 5-и составный, а с 2000 года численность судебного состава увеличивалась. С 27 августа 2011 года суд является 10-ти составным (председатель, 2 заместителя и 7 судей).
С 1 января 2002 года обеспечением военного суда занимается Управление Судебного департамента в Мурманской области.
В настоящее время должности судейского состава замещают: Бельский Игорь Гуликович, Кормушкин Александр Владимирович, Олексенко Андрей Валериевич, Котов Борис Геннадьевич, Жидков Вадим Владимирович, Терновский Роман Александрович, Карнов Андрей Александрович, Загорский Александр Юрьевич, Ушаков Александр Сергеевич, Ярмонов Дмитрий Васильевич(1).